以杨戬和哮天犬营救苏媚儿为故事主线，透过杨戬与哮天犬误入万妖城，意外认识狐妖圣主玄姬，发现失踪的苏妲己现藏身圣主府中，还裹进了狐妖与狼妖、白狐与黑狐的混战之中。但敌多寡众，圣主玄姬、杨戬、哮天犬不堪重负都身受重伤，事情变得扑朔迷离……

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普通大学生封夕在机缘巧合之下，与自己心仪已久的女神校花苏九儿结识，却不料女神的真实身份竟然是九尾狐！

十多年前一只恐怖的尾兽“九尾妖狐”袭击了木叶隐村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成怪物看待，所有人都疏远他。无可奈何，鸣人用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。在伊鲁卡老师的关心下，鸣人始终保持着乐观的精神。为了让更多的人认可自己，他下定决心要成为火影！鸣人怀着过人的自信与勇气开始了训练，但一切要比他想象的要困难的多！鸣人从小十分孤独，木叶村村民把他当成九尾的化身，当他是怪物看待。一晃十多年过去了， 鸣人考入了木叶村

京城中发生离奇的连环自杀案，铁案门派出名捕“神鹰”展开调查。他循着蛛丝马迹，很快获得重要线索，断定真凶就匿藏于东才书院之中！于是他伪装成学生身份，潜入东才学院寻找幕后真凶。而此时坊间传出妖狐杀人的流言，令神鹰深感这起案件并不单纯。随着调查的深入，他发现连环自杀案与一年前的另一宗命案关系紧密。几经困难，神鹰最终发现破案关键，欲将凶手缉拿归案。这一次，他将利用自己生命作为赌注，解开妖狐杀人的真相……

在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶和御狐神双炽的故事就由此开始。　　在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜和他的护卫雪小路野蔷薇；不良正太渡狸卍里和他的护卫夏目残夏；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉和他天然呆的护卫髅髅宫歌留多。在和这些同类相处