头领战士分别加入两派，形成新的对抗，擎天柱牺牲。巨无霸战舰出现，汽车人取得战略优势。撒克巨人开始露面，阴谋争夺权力。惊破天在地球北极战斗中被深埋在冰川下。撒克巨人掌权，秘密制造巨型变形金刚。撒克巨人躯体完成，巨无霸伏特使出了玛斯塔剑击败撒克巨人。火星被霸天虎炸毁。补天士传位于巨无霸福特，流浪宇宙。撒克巨人秘密制造对抗玛斯塔剑的撒克盾，成功抵挡巨无霸。霸天虎暗中抵达地球，策划终极的爆炸地球计划，汽车人奋勇保护，最后在南极决斗中，以团结的力量摧毁撒克巨人

巨无霸们押送威震天返回塞博特恩时，威震天逃脱，率先抵达塞博特恩，并完全控制了塞博特恩，击落了巨无霸们的飞船。威震天企图消灭全部有机形态元素，在塞博特恩上撒播病毒，抽取了所有变形金刚的火种，以将其纯化为无机化力量。擎天圣率领小分队顽强抵抗，在圣贤的指引下，激发了塞博特恩内部的有机能源，对抗威震天的机械兵军团（武装兽）。最后，威震天成功收集所有变形金刚的火种并纯化自己，变得异常强大，企图利用魔力神球之钥将塞博坦完全无机化，擎天圣为阻止威震天而与其同归于尽。塞博坦转变为充满绿色的有机星球，擎天圣用生命换来了塞博