普通的高中生驾驶着巨大的机器人战斗之类的，只不过是漫画中的故事而已，现实中是不可能存的……不远的未来的日本，普通的高中生才贺淳贵因为听说10年前就下落不明的身为考古学者的父亲的遗体在岩手黑神山的遗迹里发现了，于是赶往了岩手县的黑神山。 在遗迹里，淳贵失去了意识，并看到了不可思议的幻觉。而留在他身边的金色手镯上，刻着神化时代的文字「おおいなる者ライディーン」… 与此同时，仿佛在回应手镯的呼唤一般，伴随着落下的陨石，从黑神山的ダム湖中出现了散发出金色光芒的巨型的机器人……

庆太因卷入神秘少女黑与凶恶暴徒的战斗而失去了生命。黑是超越人类能力存在的“元神灵”。黑为了帮助庆太将自己的心脏给了他，那意味着“元神灵”与人类之间建立了契约。支配着地球上“共存均衡”的法则是什么？还有左右人类命运的“三位一体”是什么？神秘、残酷而壮烈的战斗即将展开……